Im Altertum befand sich die Hauptstadt der Insel nicht in seiner heutigen Lage bzw. in Aigialos, sondern auf dem Hügel der Festung. Bis zum 15. Jahrhundert lag innerhalb der Festung eine von Mauern umgegebene Siedlung mittelalterlichen Baustils, die durch engen labyrinthischen Straßen gekennzeichnet war. Heutzutage sind nur Ruinen in dieser kleinen Stadt erhalten geblieben, die großflächlich von einem Pinienwald bedeckt sind. In der Festung von Zakynthos sind keine systematischen Ausgrabungen durchgeführt worden, jedoch ist es allgemein bekannt, daß seit dem 15. Jahrhundert die Siedlung in Verfall geriet. Bemerkenswert ist die Tatsache, daß es innerhalb der Festung etwa zehn Kirchen gab.

Nach dem Einfall der Venezianer auf Zakynthos galt die Festung als Verwaltungs- und Religionzentrum der Insel, konnte aber nicht mehr die Bedürfnisse ihrer Bewohnern befriedigen und deshalb wurde die ganze Siedlung nach Aigialos verlegt. Die Ortschaft fing an allmählich sich zu entwickeln und auszudehnen, jedoch angesichts des beschränkten Raums und der wachsenden Bedürfnisse ihrer Bewohnern, ließ sich weiter und weiter nach der See ausdehnen. Tatsächlich war das Gebiet von Aigialos von kleinen Inselchen umgegeben, um die herum das Wasser untief und sumpfig war.

Auf diese Weise fingen an aufeinanderfolgende Aufschüttungen stattzufinden, die keine konkrete Planung hatten, waren aber den jeweiligen Bedürfnissen der Bewohnern angepasst. Ein typischer Beispiel dieser Aufschüttungen ist die Kirche des Agios Nikolaos des Molos, die 1571 gebaut wurde und anfänglich durch eine Brücke mit dem Festland verbunden worden war. Die Gebiete von Solomos Platz und Ammos waren die letzten, die Ende des 19. Jahrhunderts aufgeschüttet wurden, daß die Stadt ihre eigentliche Gestalt annahm.

Die einzigen Gebäude, die nach dem verheerenden Erdbeben von 1953 aufrecht stehen blieben, waren die Kirche von Agios Dionysios (die 1948 errichtet wurde), die Nationalbank, die Schule von Ammos und ganz wenige andere Gebäude. Aufgrund der schlechten wirtschaftlichen Lage Griechenlands in dieser Zeit, richtete sich der Wiederaufbau der Insel nicht nach dem vor dem Erdbeben herrschenden Baustil der Inselarchitektur; daraufhin ginge die Mehrheit der architektonischen Schmuckstücken der Insel verloren. Die Bilder von Zakynthos vor dem Erdbeben stellten wunderschöne Gebäude, Herrenhäuser, Kirchen aber auch einfache Häuser und Gassen mit der charakteristichen Farbe der eigenartigen zakynthischen Architektur dar, die leider 1953 völlig zerstört wurden.

Jedoch kann man auch heute viele schöne Gebäude auf der Insel sehen, die Mehrheit von denen Kirchen sind. Tatsächlich ist ein Vielzahl von Kirchen sowohl in der Hauptstadt als auch in den Dörfern von Zakynthos zu finden. Die Venezianer haben zum großen Teil die Architektur der zakynthischen Kirchen beeinflüsst, ohne aber es zu schaffen, die Zakynthier zum Katholizismus zu konvertieren. Im Gegensatz waren die Einheimischen sehr fromm und hegten tiefen Respekt für die Orthodoxie, die sie niemals verleugnet haben.

In der Hauptstadt von Zakynthos lohnt es sich die größte Kirche der Insel bzw. diese von Agios Dionysios zu besuchen, wo außerordentliche Fresken (alle sind Werke von Doxaras) und der silberne Sarg von Agios Dionysios (die vom Silberschmied Bafas geschaffen wurde) zu finden sind. In der venezianischen Stils Kirche des Agios Nikolaos des Molos auf dem Solomos Platz gibt es die Priestergewände von Agios Dionysios, der für einen gewissen Zeitraum in dieser Kirche, die zuvor zu der Seeberufsgenossenschaft gehörte, Gottesdienste durchführte. Auf dem Agios Markos Platz befindet sich die gleichnamige Kirche, die eigentlich die einzige katholische Kirche der Insel ist. Außerdem lohnt es sich, die Kirche der Faneromeni, der Kyria ton Aggelon und des Agios Nikolaos ton Xenon (die Kathedrale von Zakynthos) zu besuchen.

Auf der ganzen Insel ist ein Vielzahl von weiteren großen bzw. kleinen Kirchen und Klostern zu finden, wie zum Beispiel Agia Mavra in Mahairado mit den wunderschönen Fresken und dem Glokkenturm, Agios Nikolaos in Kiliomeno (wo der Glokkenturm von der Kirche durch einen Weg getrennt wird), Panagia Keriotissa im Dorf Keri, die einen ziemlich großen Glokkenturm hat und Agios Georgios Krimnon in Anafonitria.